Nein es gibt keine Nachteile. Es sind die selben Dateien, die auch Ford zur Verfügung stellt.
Denke auch daran, wenn Du die Sprachsteuerung nutzen möchtest, musst Du nach dem Update mit den F12-Dateien von Mine auch das Nav-Voice-Pack 4U5T-14G422-BAK runterladen und installieren, da Mine beides getrennt zur Verfügung gestellt hat.
Findest Du direkt unter dem Download von F12.
Nach der erfolgreichen Install von F12 und Co, kann es sein, dass Dir dennoch auf der Fordwebseite ein Map-Update angeboten wird (dürfte ein Map_49471_Update sein), welches aber nur ca. 49kb hat.
Dieses ist ansich kein Update, sondern lediglich eine erneute Auslesung des Sync-Installationsstandes bei der eine neue LogDatei erstellt wird.
Warum Ford das dauernd anbietet, selbst dann, wenn man es bereits ausgeführt hat, weiß keiner.
Die Bestätigung des Installationsstandes über die Sync-Updatesuche reicht vollkommen aus, wie Du selbst ja bereits festgestellt hast.